Het werd in 1223 voor het eerst genoemd als "Marresia" en ontwikkelde zich in de vroege middeleeuwen als kerkdorp.
De Sint-Gertrudiskerk, gebouwd in 1909-1910, is een opvallend monument met twee torens.
Maarheeze had tot 1997 een eigen gemeente, die toen fuseerde met Budel tot Cranendonck.
Een treinstation, geopend in 1913, sloot in 1938, maar een nieuw station werd in 2010 geopend aan de spoorlijn Eindhoven-Weert.
In 1955 opende Philips een fabriek in het dorp.
De naam "Maarheeze" verwijst mogelijk naar "moeras" en "doorgang".
